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Tecnologie genomiche  

Laboratorio di tecnologie genomiche

 

Descrizione generale

Il nostro laboratorio da diversi anni si occupa di applicare le tecnologie genomiche per lo studio di malattie umane e di modelli cellulari avvalendosi di competenze multidisciplinari di biochimica, biologia, biotecnologia e bionformatica.  In particolare abbiamo acquisito molta esperienza nello studio del profili di espressione genica in vari campioni biologici (linee cellulari e tessuti clinici) mediante la tecnologia ad alta prestazione microarray (tecnologia microarray su vetro home made e piattaforma commerciale Affymetrix).  Parallelamente il gruppo di ricerca si è occupato dello studio delle variazioni del genoma (analisi di polimorfismi a singolo nucleotide SNP e analisi di copy number) presenti in DNA proveniente da campioni patologici umani.  Grazie alla presenza di un gruppo multidisciplinare e di collaborazioni consolidate con gruppi di bionformatica, abbiamo sviluppato delle metodologie bioinformatiche per l’analisi e l’integrazione di dati biologici complessi.

 

Principale attività di ricerca

  1. Studio dei tumori umani (carcinoma renale, melanoma) e modelli di linee cellulari (linee ATCC e cellule primarie) mediante tecnologie genome-wide di analisi di geni e microRNA (gene expression profiling,microarray)
  2. Studio di malattie rare mediante l’utilizzo di nuove tecnologie di microarray (SNParray) e sequenziamento massivo del genoma (next generation sequencing) in particolare è attiva un’area di ricerca sulla malattie rara chiamata Iperinsulinismo Congenito dell’Infanzia
  3. Sviluppo di metodologie bionformatiche per l’integrazione di dati genomici
  4. Sviluppo di metodologie analitiche applicate agli acidi nucleici (DNA,RNA e microRNA) basate su piattaforme tecnologiche ad alta processività (Collaborazione ITB-CNR).

 

Progetti Finanziati

Progetto CARIPLO:  Biological effects and human health impacts of ultrafine particles source
Capofila: Università Milano Bicocca
Unità Partner: ENEA e Università degli studi di Milano
Ruolo nel progetto: responsabile scientifico nell’unità Partner
Durata: biennale (decorrenza 1/04/2014-31/03/2016)

 

Composizione del gruppo di ricerca

Composizione del gruppo: Cristina Battaglia (ricercatore confermato, professore aggregato di Biochimica), Marica Proverbio (Tecnico, biologo altro dipartimento), tre dottorandi del dottorato di Medicina Molecolare e Traslazionale: Cristina Cosentino (Biologa Molecolare, borsa dottorato ciclo 28), Luca Petiti (Bionformatico, Borsa Dottorato  ciclo 27), Simone Puccio (Bionformatico, assegnista CNR, ciclo 29).
Si avvale della collaborazione con il gruppo di genomica con il dott. Gianluca De Bellis, la dott.ssa Ingrid Cifola, la dott.ssa Eleonora Mangano (unità di genomica ITB-CNR: http://www.itb.cnr.it/web/genomics/research).

 

Strumentazione caratterizzante presente  in laboratorio

Agilent Bionalyser 2100 per analisi acidi nucleici mediante elettroforesi capillare (Agilent)
Nanodrop, spettrofotometroper analisi  acidi nucleici e proteini senza cuvette (Celbio)
Stazione fluidica FS 250 per microarray (Affymetrix)
Scanner per microarray Affymetrix (Affymetrix)
Scanarray 5000 per analisi microarray su vetro (Perkin elmer)
Real time iCycler per analisi quantitativa(Biorad)
Bioplex, dispositivo per analisi in multiplex di citochine e altre molecole , letture fluorescente di biglie funzionalizzate (Biorad)
Sequencer GAIIX e Myseq per il sequenziamento massivo (Illumina)

 

Contatto

Dott.ssa Cristina Battaglia  (E-mail. cristina.battaglia@unimi.it)
Skype: cristina.battaglia
Edificio LITA di Segrate, via Fratelli Cervi, 93, 20090 Segrate (Milano)
Tel. 02503 30421

 

Ubicazione

Palazzo LITA di Segrate, via Fratelli Cervi, 93, 20090 Segrate (Milano)

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